酚氯仿提基因组-大量高纯度DNA的制备
原理:
酚、氯仿是蛋白质变性剂,能有效去除核蛋白,使核酸从核蛋白中分离出来。氯仿还能加速有机相与液相的分层,少许异戊醇能稳定界面,减少蛋白质变性过程中产生气泡。
操作步骤:
1. 将材料放入预冷的
研钵中,加入液氮后迅速研磨成粉末状(刚加入液氮时不停上下锤击材料,液氮快挥发完时用研棒旋转搅拌挤压材料使之破碎)。
2.
800ul抽提缓冲液,轻轻摇匀,形成匀浆状。
研磨完毕后,加入
3. 将匀浆液转移至1
个2ml离心管中,加入Proteinase K至终浓度为100ug/ml(800ul加4ul蛋白酶K(20ug/ul)),55℃水浴保温过夜。
4.
酚,室温温和振荡,摇匀,10-15min。
加入等体积平衡
5.
4℃ 10min,将粘稠的水相移至洁净的离心管中。
离心:12000rpm
6.
再用酚:氯仿(v:v
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定位克隆实验室 2010-12-27 胡文波修订
=1:1),氯仿各抽提1次(离心:12000rpm 4℃ 10min)。
7. 将上层水相移至洁
净的离心管中,加入2倍体积无水乙醇,转动离心管使溶液充分混合,DNA立即形成沉淀。
8. 离心:7500g 4℃
10min,使DNA沉于管底,将离心管倒置于滤纸上,晾干(或用玻璃棒/消毒牙签将DNA沉淀从乙醇沉淀中移出)。
9.
DNA沉淀2次(离心:7500g 4℃ 10min)。
用70%乙醇洗涤
10.
TE(pH8.0)使DNA完全溶解。
加入200ul
11.
浓度为50ug/ml,37℃保温1h。
加入RNase至终
12.
测DNA的浓度和纯度。
紫外分光光度计检
13. 为1000ng/ul。
调节DNA终浓度
14.
将DNA做梯度稀
释:1×102 ,1×101 ,1×100 ,1×10-1 ,1×10-2 ng/ul,稀释体积为100ul。
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15. 取2ul DNA与2ul
2×上样缓冲液混匀,点样到琼脂糖凝胶(w/v = 2%)中,以2.5-5v/cm电泳。
16.
色约15min,UV灯下观察拍照。
17.
DNA做模板进行RPL3的PCR,电泳检测。
0.5ug/ml EtBr染
分别取4ul基因组
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