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进化树构建方法-MEGA

来源:一二三四网


利用MEGA 来构建进化树(molecular evolutionary genetics analysis 分子进化遗传分析)

打开mega5,选择Align----edit/built alignment----create a new alignment—OK

选择DNA/protein

出现新的对话框

Open------选择已经保存好的用clustalx 经过比对保存的以.aln格式的文件

打开之后,出现下面的页面

双击文件名可以进行修改的。我的就是从这里开始修改把A,B,C 都去掉,只留号码就好

右键菜单点击delete 删除带※的那一行。得到下面的图示,点击保存,重新起名字。

之后点击此图内的Alignment 选择Align by clustalW即可。

默认设置即可,点击OK就进行比对了,此后会出现一个过渡对话框,显示的是两两比对和多序列比对的过程

之后回到初始页面,就是这个页面

之后点File---点开,把刚才保留的文件点开

然后出现下面的页面

多了几个内容,点击TA的那个框框。

之后出现这样的框框图片

然后在主程序中选择phylogeny---construct/test neighbor-joining tree,然后出现下面的页面

黄色框框处的的参数是可以改变的,该图为我已经改变好的,把Bootstrap 的值改为1000

Methods根据文献上的参考改为了Kimura2-parameter model.

之后点击compute,就出现了,而且还带有必需的支持率

即自展值,是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排,重排后的序列再用相同的办法构树,如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了,就给这个分枝打上一分,如果没出现就给0分,这样经过你给定的repetitions次(至少1000次)重排构树打分后,每个分枝就都得出分值,计算机会给你换算成bootstrap值。重排的序列有很多组合,值越小说明分枝的可信度越低,最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。

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