处理工程款纠纷的方式有：
1、和解。如果承包人与发包人就工程款纠纷达成和解的，可以进行和解；
2、仲裁。承包人与发包人有约定仲裁条款的，可以仲裁解决；
3、诉讼。承包人也可以向法院申请对建设工程进行折价拍卖，但是不宜折价拍卖的除外，承包人对该拍卖款享有优先受偿权。
一、拖欠工程款找哪个部门处理！
一般找建设行政主管部门解决拖欠工程款的纠纷，当事人也可以向建筑工程所在地的人民法院提起诉讼。双方可以先行协商，催告在合理期限内支付价款；协商不成的可以收集相关证据请求人民法院将该工程依法拍卖，就该工程拍卖价款受偿；或者承包人与发包人协议将该工程折价，就该工程折价款受偿。
二、怎样确定建设工程款的优先受偿权
建设工程款的优先受偿权规定如下：发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
【本文关联的相关法律依据】
《民事诉讼法》第九条
人民法院审理民事案件，应当根据自愿和合法的原则进行调解；调解不成的，应当及时判决。
第五十条
双方当事人可以自行和解。
第二百七十一条
当事人在合同中没有订有仲裁条款或者事后没有达成书面仲裁协议的，可以向人民法院起诉。
《中华人民共和国民法典》第八百零七条
发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
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