南庵中院为金殿，面阔7间，始建于1059年，后于金大定九年 (1169年)扩建，故名“金殿”，是药王山现存最早的建筑。殿内现陈列一口石棺。核石棺发现于19料年，由棺底、棺床和石棺三部分组成，上刻大量荷花等具有佛教风格的花纹和青龙、飞虎等动物雕饰，雕刻精细，生动传神。为我国石刻艺术中的珍品。金殿后侧即为斗拱攒集、样式奇特的元殿。元殿建于元代至元二年(1265年)，原是药王的寝宫。东边殿内两侧有两幅《帝后出行图》壁画。画面构图严谨，场面宏伟，线条流畅，色彩艳丽，共绘有皇帝、摈姐及侍从等各类人物12组80余人，人物大小几近真人，个个形象传神逼真。金殿西端有棵高大挺拔的柏树，粗约4米，高近15米，相传为药王亲手所植，距今虽已有1400多年，但仍生机盎然，苍翠迎人。南庵西侧的碑廊陈列着由宋到民国时期的碑石共31通，可谓此处最有价值的文物。这些碑石多为颂扬孙思邈或游山题诗之作，对研究药王山的历史变革提供了实物数据。其中尤以《龟蛇二宇碑》和《宋徽宗御书碑》两通碑石最为有名。南庵西侧约100米处还有一晒药场，据传曾为孙思邈晾晒草药之处。
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